まず、この現象が起きるのはAfter Effects自身の問題ではないと考えています。
なぜなら、これが起きると同時に、QuicktimePlayer7の【書き出し】機能を使おうとするとquicktimeがクラッシュするようになるのです。

そして、ポイントのなるのはエラーメッセージにも書かれている通り
【Language】です。
言語環境に問題があるのですよね。
ですので、まず【システム環境設定】にて言語環境を【English】に変更しログアウト後、再ログインして完全に英語環境になれば、QuicktimePlayerの【書き出し】機能も使えるようになるのです。
ただし、AfterEffectsの場合にはその限りではありません。
それはライセンスに問題があるからなのです。
日本語版After Effectsは日本語環境での使用にのみ限られているため、英語環境で起動しようとするとライセンスエラーとなり起動できないわけです。
さて、どうしたものでしょう。
ですが、更に解決策は眠っていました。
なんと日本語環境で起動出来るのです。
...これを読んでいる方の中には「あれ？じゃぁ解決してるじゃん！」と拳を震わせる方もいらっしゃるかと思いますが、その方法は特殊なため臨時措置でしかないのです。
はい。その方法は...
ルートユーザーでログインしAfter Effectsを起動するというものです。
ですので、最悪、面倒でもどうにか出来るは出来るのです。
CS5も出ていますので、以前よりは今の状況を我慢できますが...問題を抱えていることに変わりはありません。

ここまで情報がまとまってきましたので、【macの言語環境設定】に詳しい方でしたら解決出来るのではないでしょうか。
切実に教えていただきたいです。
ルート権限での【Language Chooser】も実行しましたし、幾度となく英語、日本語での再ログインも行いました...
設定ファイルのパーミッションか何かでしょうか...
もう、お手上げです。
博士の登場をお待ちしています。
そうです、これをお読みになっている、あなたのことです。

☆2011/02/09追記
意外にあっさり解決方法が検索できました...