やはりいつもの通り、我が社で頼りのgoogle先輩にお伺いしましたが、私がバシッと用件を伝えられなかったために、微妙に違った答えばかり返ってきてしまいます...
先輩スミマセン...私が、しどろもどろな質問ばかりしてしまって...

無駄な文章が続きましたが、そうこうしているうちに回答には辿り着きました
【プロジェクトの概要】
そのくだりに

XML プロジェクト（.aepx）ファイルをバイナリプロジェクト（.aep）ファイルとして保存するには、ファイル／別名で保存を選択し、拡張子が.aep（x なし）のファイル名を入力します（プロジェクトの保存とバックアップを参照）。【プロジェクトの概要より引用】

なんだ簡単だな。と思いながら【xなしで別名で保存】をしようとしましたが...
【xなし】と、いとも簡単に文章では書かれていますが、その【xなし】にする方法が分からないではありませんか。
どこなのですかね...未だにわかりません...不甲斐ないものです...
ですが、【プロジェクトの保存とバックアップを参照】と文末に書かれているではありませんか。
まさに蜘蛛の糸です。
（無駄が多い文章で申し訳ありません。私も本心では要点だけ明確に書きたいと思っているのです）

さっそく【プロジェクトの保存とバックアップ】へ行ってみましたが...
それらしい正確な記述が、やはり見当たらないのです...
ただ、そのページ中に唯一XMLに関する記述のある箇所があるではないですか。
そして、その文末にもリンク先が！

プロジェクトのコピーを XML プロジェクトファイル形式で保存するには、ファイル／XML 形式でコピーを保存を選択します（プロジェクトの概要を参照）。【プロジェクトの保存とバックアップより引用】

素直にクリックしてみると...そこは見慣れた先ほどのページではありませんか。
こっちで訊ねれば、あっちへ、あっちで訊ねれば、こっちへ...
完全にたらい回しです。２ページ間での、たらい回しです。

結局、簡単に行う方法は分かりませんでした...

ですが、以下のようなことが書かれている一文を読むと、更に不安を煽られます...

重要： XML プロジェクトファイル形式をメインのファイル形式として使用しないでください。After Effects の主要なプロジェクトファイル形式はバイナリプロジェクトファイル (.aep) 形式です。XML プロジェクトファイル形式は、プロジェクトのコピーの保存用、また自動化ワークフローの中間の形式として使用してください。【プロジェクトの概要より引用】

もう、何が何でも戻しておこうと、最終的に【ブランクのプロジェクトに「ファイルの読み込み」でaepxファイルを読み込んでしまう】ことで解決させました。
こうすれば、新規に保存することになるため、当然のごとくaepにはなりました。

取り急ぎ強引に解決に持って行きましたが、やはりスッキリしないので再度調べたいものです。

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